马来西亚联邦直辖区旗帜（Bendera Wilayah Persekutuan）是代表吉隆坡（Kuala Lumpur）、纳闽（Labuan）和布城（Putrajaya）三个联邦直辖区的官方旗帜。旗帜由黄、蓝、红三色等宽横条组成：黄色象征至高无上的皇室尊严，蓝色代表直辖区子民的团结与和谐，红色则彰显勇敢与活力。旗帜中央带有马来西亚国徽，国徽下方平排着三颗黄色的十四角星，分别代表这三个直辖区，同时象征它们与马来西亚其他州属紧密相连。该旗帜常用于官方庆典与每年的“联邦直辖区日”（2月1日），是凝聚政治、经济与行政核心区域的重要象征。
